Заглавная страница Избранные статьи Случайная статья Познавательные статьи Новые добавления Обратная связь КАТЕГОРИИ: АрхеологияБиология Генетика География Информатика История Логика Маркетинг Математика Менеджмент Механика Педагогика Религия Социология Технологии Физика Философия Финансы Химия Экология ТОП 10 на сайте Приготовление дезинфицирующих растворов различной концентрацииТехника нижней прямой подачи мяча. Франко-прусская война (причины и последствия) Организация работы процедурного кабинета Смысловое и механическое запоминание, их место и роль в усвоении знаний Коммуникативные барьеры и пути их преодоления Обработка изделий медицинского назначения многократного применения Образцы текста публицистического стиля Четыре типа изменения баланса Задачи с ответами для Всероссийской олимпиады по праву Мы поможем в написании ваших работ! ЗНАЕТЕ ЛИ ВЫ?
Влияние общества на человека
Приготовление дезинфицирующих растворов различной концентрации Практические работы по географии для 6 класса Организация работы процедурного кабинета Изменения в неживой природе осенью Уборка процедурного кабинета Сольфеджио. Все правила по сольфеджио Балочные системы. Определение реакций опор и моментов защемления |
Полиморфизмы промоторной области гена FasСтр 1 из 3Следующая ⇒
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РФ Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Нижегородский государственный университет им. Н. И. Лобачевского»
БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ
Кафедра молекулярной биологии и иммунологии
Работа выполнена на базе лаборатории молекулярной биологии и генной инженерии НИИ молекулярной биологии и региональной экологии ННГУ им. Н.И. Лобачевского Полиморфизмы промоторной области гена Fas
Дипломная работа Допущен к защите студента 5 курса д/о зав. кафедрой_____________ гр.0153-5Шарова М.А. Научный руководитель: м.н.с. Сахарнов Н.А. Научный консультант: доц.,к.б.н. Казацкая Ж.А. Рецензент: руководитель отделения лабораторной диагностики ФГБУ «ННИИТО»к.м.н. Лебедев М.Ю.
Нижний Новгород Оглавление Введение 4 1. Обзор литературы 6 1.1 Общая характеристика однонуклеотидных полиморфизмов 6 1.2 Строение, функции, значение Fas-антигена 8 1.3 Однонуклеотидные полиморфизмы гена Fas 10 2. Материалы и методы исследований 15 2.1 Ферменты и биопрепараты 15 2.2 Выделение тотальной РНК 15 2.4 Полимеразная цепная реакция 16 2.5 Визуализация результатов ПЦР методом электрофореза нуклеиновых кислот в 1,5% агарозном геле 19 3. Результаты и их обсуждение 20 Выводы 30 Цитированная литература 31 ATL – Т-клеточная лейкемия CD – кластер дифференциации DD – домен смерти FasL – лиганд Fas GCA – аденокарцинома кардиального отдела желудка HAM – HTLV-1 связанная миелопатия HBV – вирус гепатита B HCC – гепатоклеточная карцинома HTLV-1 – Т-лимфотропный вирус человека 1 типа NPC – рак носоглотки PCa – рак предстательной железы SLE (СКВ) – системная красная волчанка SNP (ОНП) – однонуклеотидные полиморфизмы SP-1 – специфический белок - 1 SSc – диффузный и кожный системный склероз STAT1 – фактор сигнального преобразования и активации транскрипции - 1 TNF, NGF – факторы некроза опухолей TSP– тропический спастический парапарез Введение Полиморфными принято называть гены, которые представлены в популяции несколькими разновидностями - аллелями, что обусловливает разнообразие признаков внутри вида. Различия между аллелями одного и того же гена, как правило, заключаются в незначительных вариациях его "генетического" кода. Большинство известных полиморфизмов выражаются либо в заменах одного нуклеотида, либо в изменении числа повторяющихся фрагментов ДНК. Полиморфизмы нуклеотидных последовательностей обнаружены во всех структурных элементах генома. Вариации, затрагивающие кодирующие фрагменты генов и отражающиеся на аминокислотной последовательности их продуктов, встречаются относительно редко и не имеют отношения к анализируемой конкретной проблеме (Льюин, 1987).
Одной из актуальных проблем биологии и медицины является проблема исследования первичной структуры генов и их функциональных элементов, поскольку изменение экспрессии жизненно важных генов приводит к различным заболеваниям. В последнее время широко распространены исследования, направленные на выявление полиморфизмов, связанных с индивидуальной предрасположенностью к заболеваниям и устойчивостью организма к воздействию окружающей среды. Частота встречаемости однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) может служить генетическими маркерами предрасположенности к различным заболеваниям. В популяционных исследованиях и картировании генов широкое применение нашли ОНП, расположенные в некодирующих регионах и не меняющие структуру и функцию белков (Cavalli – Sforza, 1998; Wang et al., 1998). ОНП используются как молекулярные маркеры в генетических и фармакогеномных исследованиях при многих заболеваниях (Brooks, 1999;Sobin, Ashish, 2007). При этом выявляется связь между генетической структурой индивидуумов (генотипом) и ее ответом на лечение препаратами (фармакогеномика); собирается информация относительно генетической предрасположенности индивидуума к его состоянию здоровья или подтверждается диагноз генетической болезни (генетическое тестирование); определяются функциональные ОНП, которые изменяют структуру и функцию белков (функциональная протеомика) (Kaleigh Smith, 2002). Целью данной работы является анализ частоты генотипов промоторной области гена Fas (CD95) (однонуклеотидные полиморфизмы Fas-670A/G и Fas-1377A/G) при раке толстого кишечника и герпесвирусной инфекции. Для достижения данной цели были поставленыследующие задачи:
- Выявить генотипы промоторной области гена Fas в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией - Исследовать частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов Fas-670A/G и Fas-1377A/G промоторной области гена Fas больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией - Определить частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов Fas-670A/G и Fas-1377A/G промоторной области гена Fas у мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией
Обзор литературы Ферменты и биопрепараты Дезоксинуклеозидтрифосфаты в растворе – смесь 4-х дНТФ, по 2 мМ каждого из дНТФ (Fermentas, Латвия); Taq – ДНК полимераза, укомплектованная 10Xбуфером (ООО «Генные и клеточные технологии», Россия, Н.Новгород); M-MuLV обратная транскриптаза, укомплектованная 5Xбуфером (Promega, США).
Результаты и их обсуждение По данным литературы известны ассоциации частот генотипов ОНП Fas-670A/G ОНП Fas-1377A/G в промоторной части гена Fas с различными заболеваниями. Среди населения, проживающего на территории Российской Федерации, не проводилось исследований по выявлению частот генотипов ОНП Fas-670A/G ОНП Fas-1377A/G в промоторной области гена Fas, что определяет практическую значимость данного исследования. Анализ аллельных вариаций в составе ОНП Fas -670A/G, Fas -1377G/A проводился методом аллель-специфической ПЦР с помощью олигонуклеотидных праймеров. Продукты реакции детектировали с помощью электрофореза в 1.5 % агарозном геле, содержащем флуоресцентный краситель бромид этидия. На первом этапе настоящего исследования проводилось генотипирование образцов периферической крови здоровых доноров, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией по ОНП Fas-670A/G. Результаты исследований генотипов ОНП Fas-670A/G представлены в таблице 5.
Таблица 5 Частота генотипов однонуклеотидного полиморфизма Fas-670A/G в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и здоровых доноров
* - статистически значимые различия по сравнению со здоровыми донорами (р<0,05) У здоровых доноров частота генотипа FAS-670AA составляла 3,9%, генотипа FAS-670AG –60,8%, генотипа FAS-670GG –35,3%. Генотип FAS-670AG встречался у всех 44 больных раком толстого кишечника (100%). У больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа FAS-670AA составляла 8,6%, генотипа FAS-670AG – 77,1%, генотипа FAS-670GG – 14,3%. Исследовали частоты генотипов Fas-670A/G в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и здоровых доноров. Было показано, что у больных раком толстого кишечника частота генотипа -670AG статистически значимо (в 1,65 раза) была выше по сравнению со здоровыми донорами (р<0,001). При этом у больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа -670GG была в 2,5 раза ниже (p=0,034) (рис.3). Рис.3. Частота генотипов Fas-670A/G в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией.
* - статистически значимые различия (р<0,05) по сравнению со здоровыми донорами Исследовали также частоты генотипов ОНП Fas-670A/G у мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и у здоровых доноров. Результаты исследований представлены в таблице 6.
Таблица 6 Частота генотипов однонуклеотидного полиморфизма Fas-670A/G в клетках периферической крови мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и здоровых доноров
* - статистически значимые различия по сравнению со здоровыми донорами (р<0,05)
При сравнении фрагмента генома мужчин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией, со здоровыми не выявлены статистически значимые различия по частотам как гомозигот AА и GG, так и гетерозигот AG по ОНП Fas-670A/G (рис.4). Рис.4. Частота генотипов Fas-670A/G в клетках периферической крови мужчин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией. По сравнению со здоровыми донорами у женщин, больных раком толстого кишечника, частота генотипа -670AG статистически значимо (в 1,83 раза) была выше (р<0.001). При этом генотипы -670АА и -670GG в образцах крови онкологических больных не выявлялись (рис.5).
Рис.5. Частота генотипов Fas-670A/G в клетках периферической крови женщин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией. * - статистически значимые различия (р<0,05) по сравнению со здоровыми женщинами При сравнении мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника, а также мужчин и женщин, больных герпесвирусной инфекцией, и здоровых мужчин и женщин не было обнаружено статистически значимых различий по частотам как гомозигот AА и GG, так и гетерозигот AG по ОНП Fas-670A/G. На следующем этапе настоящего исследования проводилось генотипирование образцов периферической крови здоровых доноров, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией ОНП Fas-1377AG. Результаты представлены в таблице 7.
Таблица 7 Частота генотипов однонуклеотидного полиморфизма Fas-1377A/G в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и здоровых доноров
* - статистически значимые различия по сравнению со здоровыми донорами (р<0,05) У здоровых доноров частота генотипа FAS-1377AA составляла 2,2%, генотипа FAS-1377AG –67,4%, генотипа FAS-1377GG –30,4%. Генотип FAS-1377AA встречался у 22,2% больных раком толстого кишечника, генотип FAS-1377AG – у 41,7%, генотип FAS-1377GG – у 36,1%. У больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа FAS-1377AA составляла 13,8%, генотипа FAS-1377AG – 20,7%, генотипа FAS-1377GG – 65,5%. Было выявлено, что при сравнении со здоровыми донорами у больных раком толстого кишечника частота генотипа Fas-1377AG статистически значимо была ниже в 1,62 раза (р=0,03). В отношении других генотипов статистически значимых различий обнаружено не было; по сравнению со здоровыми донорами у больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа Fas-1377GG статистически значимо (в 2,2 раза) была выше (p=0,004). Наряду с этим генотип -1377АG детектировался реже в 3,26 раза, чем у здоровых доноров (р=0,002) (рис.6). Рис.6. Частота генотипов Fas-1377A/G в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией. * - статистически значимые различия (р<0,05) по сравнению со здоровыми донорами Исследовали также частоты генотипов ОНП Fas-1377A/G у мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией, и у здоровых доноров. Результаты исследований представлены в таблице 8.
Таблица 8 Частота генотипов однонуклеотидного полиморфизма Fas-1377A/G в клетках периферической крови мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией, и здоровых доноров
* - статистически значимые различия по сравнению со здоровыми донорами (р<0,05)
По сравнению со здоровыми донорами у мужчин, больных герпесвирусной инфекцией, частота генотипа -1377АG детектировалась на реже в 2,96 раза (р = 0,016) (рис.7). Рис.7. Частота генотипов Fas-1377A/G в клетках периферической крови мужчин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией. * - статистически значимые различия (р<0,05) по сравнению со здоровыми мужчинами По сравнению со здоровыми донорами у женщин, больных раком толстого кишечника, частота генотипа Fas-1377AG статистически значимо (в 1,67 раза) была ниже (р=0,03). В отношении других генотипов статистически значимых различий обнаружено не было. При сравнении со здоровыми донорами у женщин, больных герпесвирусной инфекцией, частота генотипа Fas-1377GG статистически значимо (в 2,5 раза) была выше (p=0,01). Наряду с этим генотип -1377АG детектировался в 6,5 раз реже, чем у здоровых доноров (р=0,004) (рис.8). Рис.8. Частота генотипов Fas-1377A/G в клетках периферической крови женщин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией. * - статистически значимые различия (р<0,05) по сравнению со здоровыми женщинами При сравнении мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника, герпесвирусной инфекцией и здоровых мужчин и женщин не было обнаружено статистически значимых различий по частотам как гомозигот AА и GG, так и гетерозигот AG по ОНП Fas-1377A/G. Полученные результаты показали, что некоторые частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов -670A/G и -1377G/A у больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией отличаются от соответствующих значений частот генотипов здоровых доноров, что может свидетельствовать о влиянии наличия соответствующих аллельных вариантов генотипов на предрасположенность к данным заболеваниям. Кроме этого, были выявлены статистически значимые различия частот некоторых исследованных генотипов у мужчин и женщин с данными патологиями, что позволяет предположить о том, что наличие исследованных генотипов по-разному влияет на предрасположенность к данным заболеваниям у мужчин и женщин. У пациентов с герпесвирусной инфекцией частоты генотипов Fas -670A/G не отличались от частот соответствующих генотипов здоровых доноров. В то же время у всех больных раком толстого кишечника был выявлен только генотип FAS-670AG, что в 1,65 раза выше по сравнению со здоровыми донорами. Частоты генотипов FAS-670AG, выявленные в нашем исследовании, отличались от частот соответствующих генотипов, представленных в литературе (Hofflman et al., 2009), где частоты генотипов были более равномерными между собой (FAS -670AA 24,2%, FAS -670AG – 46,3%, FAS -670GG – 29,5%), что, с одной стороны, отражает особенности частот генотипов в разных популяциях, а, с другой стороны, может являться особенностью данной патологии. Не было выявлено различий между частотами генотипов FAS-670AG у мужчин и женщин с раком толстого кишечника. Тем не менее, было показано, что по сравнению со здоровыми донорами, у женщин, больных раком толстого кишечника, частота генотипа FAS-670AG выше в 1,83 раза при этом у мужчин таких особенностей выявлено не было. Данные говорят о различном влиянии наличия генотипов FAS-670AG у мужчин и женщин на предрасположенность к данной патологии. У больных раком толстого кишечника частоты генотипов FAS-1377A/G не отличались от здоровых доноров. У больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа Fas-1377 GG была в 2,2 раза выше по сравнению со здоровыми донорами, при этом у мужчин частота генотипа -1377АG была в 2,96 раза ниже по сравнению со здоровыми донорами, а у женщин, больных герпесвирусной инфекцией, частота генотипа Fas-1377GG в 2,5 раза выше, чем у здоровых доноров. Таким образом, в отличие от рака толстого кишечника, частота генотипов FAS-1377A/G у больных герпесвирусной инфекцией различна как по сравнению со здоровыми донорами, так и у мужчин и женщин по сравнению друг с другом. Выводы 1. Выявлено, что у здоровых доноров частота генотипа FAS-670AA составляла 3,9%, генотипа FAS-670AG –60,8%, генотипа FAS-670GG –35,3%; частота генотипа FAS-1377AA составляла 2,2%, генотипа FAS-1377AG –67,4%, генотипа FAS-1377GG –30,4%. 2. Установлено, что генотип FAS-670AG встречался у всех 44 больных раком толстого кишечника (100%). Генотип FAS-1377AA встречался у 22,2% больных раком толстого кишечника, генотип FAS-1377AG – у 41,7%, генотип FAS-1377GG – у 36,1%. По сравнению со здоровыми донорами у больных раком толстого кишечника частота генотипа -670AG статистически значимо в 1,65 раза была выше. 3. Показано, что у больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа FAS-670AA составляла 8,6%, генотипа FAS-670AG – 77,1%, генотипа FAS-670GG – 14,3%.; частота генотипа FAS-1377AA составляла 13,8%, генотипа FAS-1377AG – 20,7%, генотипа FAS-1377GG – 65,5%. При сравнении со здоровыми донорами у больных герпесвирусной инфекцией частота генотипа Fas-1377GG статистически значимо в 2,2 раза была выше. 4. При сравнении фрагмента генома мужчин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией, со здоровыми не выявлены статистически значимые различия по частотам как гомозигот AА и GG, так и гетерозигот AG по ОНП Fas-670A/G. У мужчин, больных герпесвирусной инфекцией, частота генотипа -1377АG детектировалась реже в 2,96 раза в сравнении со здоровыми донорами. 5. По сравнению со здоровыми донорами у женщин, больных раком толстого кишечника, частота генотипа -670AG статистически значимо в 1,83 раза была выше. У женщин, больных герпесвирусной инфекцией, частота генотипа Fas-1377GG статистически значимо в 2,5 раза выше, чем у здоровых доноров. Цитированная литература 1. Барышников А.Ю., Шишкин Ю.В. Иммунологические проблемы апоптоза. – М.: Эдиториал УССР, 2002. – 320с. 2. Льюин Б. Гены: Пер. с англ.- М.:Мир,-1987-544с 3. Фогель Ф., Мотульски А. Генетика человека: в 3-х т. Т.2. Пер. с англ.- М.: Мир-1990-378с 4. Arasteh J.M., Sarvestani E.K., Aflaki E., Amirghofran Z. Fas gene polymorphisms in systemic lupus erythematosus and serum levels of some apoptosis-related molecules. // Int. J. Gynecol. Cancer. 2006. Vol.16. P. 179-182. 5. Arnold P. What are Single Nucleotide Polymorphisms? // Int. J. Cancer. 2008. Vol. 103. P. 221-225. 6. Bel Hadj Jrad B. A polymorphism in FAS gene promoter associated with increased risk of nasopharyngeal carcinoma and correlated with anti-nuclear autoantibodies induction. // Cancer Lett. 2006. Vol. 233. P. 21-27. 7. Ben Aleya W., Sfar I., Mouelhi L. et al. Association of Fas/Apo1 gene promoter (-670 A/G) polymorphism in Tunisian patients with IBD. // World J. Gastroenterol. 2009. Vol. 15, №29. P. 3643-3648. 8. Cao Y., Miao X.P., Huang M.Y. et al. Polymorphisms of death pathway genes FAS and FASL and risk of nasopharyngeal carcinoma. // Mol. Carcinog. 2010. Vol. 49, №11. P. 944-950. 9. Crew K.D. et al. Genetic polymorphisms in the apoptosis-associated genes FAS and FASL and breast cancer risk. // Carcinogenesis. 2007. Vol. 28. P. 2548-2551. 10. Dybikowska A., Sliwinski W., Emerich J., Podhajska A.J. Evaluation of Fas gene promoter polymorphism in cervical cancer patients. // Int J. Mol. Med. 2004. Vol. 14, №3. P. 475-478. 11. Erdogan M. et al. Fas/Fas ligand gene polymorphism in patients with papillary thyroid cancer in the Turkish population. // J. Endocrinol. Invest. 2007. Vol. 30. P. 411-416. 12. Farre L., Bittencourt A.L., Silva-Santos G. et al. Fas 670 promoter polymorphism is associated to susceptibility, clinical presentation, and survival in adult T cell leukemia. // Virus Res. 2012. Vol. 163, №1. P. 178-182. 13. Gormus U. et al. Fas-1377 A/G polymorphism in lung cancer. // In Vivo. 2007. Vol. 21. P. 663-666. 14. Gormus U. et al. Fas-1377A/G and FasL-844 T/C gene polymorphisms and epithelial ovarian cancer. // Anticancer Res. 2007. Vol. 27. P. 991-994. 15. Hsu P.I. et al. Polymorphisms of death pathway genes FAS and FASL and risk of premalignant gastric lesions. // Anticancer Res. 2008. Vol. 28. P. 97-103. 16. Huang Q.R., Morris D., Manolios N. Identification and characterization of polymorphisms in the promoter region of the human Apo-1/Fas (CD95) gene. // Mol. Immunol. 1997. Vol. 34. P. 577–582. 17. Ikehara S.K. et al. A polymorphism of C-to-T substitution at -31 IL1B is associated with the risk of advanced gastric adenocarcinoma in a Japanese population. // J. Hum. Genet. 2006. Vol. 51. P. 927-933. 18. Kanemitsu S., Ihara K., Saifddin A. et al. A functional polymorphism in Fas (CD95/APO-1) gene promoter associated with systemic lupus erythematosus. // J. Rheumatol. 2002. Vol. 29. P. 1183–1188. 19. Koshkina N.V. et al. Exploratory analysis of Fas gene polymorphisms in pediatric osteosarcoma patients. // J. Pediatr. Hematol. Oncol. 2007. Vol. 29. P. 815-821. 20. Krippl P., Langsenlehner U., Renner W. et al. Polymorphisms of Death Pathway Genes FAS and FASL in Esophageal Squamous-Cell Carcinoma. // J. Nat. Cancer Inst. 2004. Vol. 96, №19. Р. 1478-1479. 21. Lai H.C. et al. Genetic polymorphisms of FAS and FASL (CD95/CD95L) genes in cervical carcinogenesis: an analysis of haplotype and gene-gene interaction. // Gynecol. Oncol. 2005. Vol. 99. P. 113-118. 22. Lai H.C. et al. Single nucleotide polymorphism at Fas promoter is associated with cervical carcinogenesis. // Int. J. Cancer. 2003. Vol. 103. P. 221-225. 23. Lei D., Sturgis E. M., Wang L.-E. et al. FAS and FASLG Genetic Variants and Risk for Second Primary Malignancy in Patients with Squamous Cell Carcinoma of the Head and Neck. // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2010. Vol. 19. P. 1484-1491. 24. Li C. et al. Functional polymorphisms in the promoter regions of the FAS and FAS ligand genes and risk of bladder cancer in south China: a case-control analysis. // Pharmacogenet. Genomics. 2006. Vol. 16. P. 245-251. 25. Li C. et al. Polymorphisms of the FAS and FAS ligand genes associated with risk of cutaneous malignant melanoma. // Pharmacogenet. Genomics. 2006. Vol. 16 P. 253-263. 26. Lima L. et al. Association between FAS polymorphism and prostate cancer development. // Prostate Cancer Prostatic Dis. 2008. Vol. 11. P. 94-98. 27. Lima L., Calais da Silva F. M., Calais da Silva F. E. et al. Fas-670 polymorphism and prostate cancer. // J. Clin. Onc. 2007. Vol.25, №18. Р. 21028. 28. Marín L.A., Muro M., Moya-Quiles M.R. et al. Study of Fas (CD95) and FasL (CD178) polymorphisms in liver transplant recipients. // Tissue Antigens. 2006. Vol. 67, №2. P. 117-126. 29. Melville B. What are ОНП? // Eur. J. Hum. Genet. 2000. Vol. 8, №2. Р. 154-165. 30. Nelson H.H. et al. Fas/APO-1 promoter polymorphism is not associated with non-melanoma skin cancer. // Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev. 2001. Vol. 10. P. 809-810. 31. Norrgard K., Schultz J. et al. Natural selection has driven population differentiation in modern humans. // Nature Genetics. 2008. Vol. 40. P. 340-345. 32. Park S.H. et al. Polymorphisms in the FAS and FASL genes and risk of lung cancer in a Korean population. // Lung Cancer. 2006. Vol. 54. P. 303-308. 33. Pengfei S., Qi D., Chao Q.et al. Functional polymorphisms in cell death pathway genes FAS and FAS ligand and risk of prostate cancer in a Chinese population. // The Prostate. 2011.Vol. 71, №10. P. 1122–1130. 34. Sibley K. et al. Functional FAS promoter polymorphisms are associated with increased risk of acute myeloid leukemia. // Cancer Res. 2003. Vol. 63. P. 4327-4330. 35. Smith K., Lancia G., Lippert R., Schwartz R. ОНП Problems, Complexity and Algorithms. // LNCS. 2002. Vol. 2161. P. 182-193. 36. Sun T. et al. FASL -844C polymorphism is associated with increased activation-induced T cell death and risk of cervical cancer. // J. Exp. Med. 2005. Vol. 202. P. 967-974. 37. Sun T. et al. Polymorphisms of death pathway genes FAS and FASL in esophageal squamous-cell carcinoma. // J. Natl. Cancer Inst. 2004. Vol. 96. P. 1030-1036. 38. Sziller I., Nguyen D., Halmos A. et al. An A>G polymorphism at position −670 in the Fas (TNFRSF6) gene in pregnant women with pre-eclampsia and intrauterine growth restriction. // Mol. Hum. Reprod. 2005. Vol.11, №3. Р. 207-210. 39. Tamandani D.M. et al. Association of Fas-670 gene polymorphism with risk of cervical cancer in North Indian population. // Clin. Exp. Obstet. Gynecol. 2008. Vol. 35. P. 183-186. 40. Ter-Minassian M. et al. Apoptosis gene polymorphisms, age, smoking and the risk of non-small cell lung cancer. // Carcinogenesis. 2008. Vol. 29. P. 2147-2152. 41. Ueda M. et al. Fas gene promoter -670 polymorphism (A/G) is associated with cervical carcinogenesis. // Gynecol. Oncol. 2005. Vol. 98. P. 129-133. 42. Ueda M. et al. Fas gene promoter -670 polymorphism in gynecological cancer. // Int. J. Gynecol. Cancer. 2006. Vol. 16. P. 179-182. 43. Vallinoto A.C., Santana B.B., Dos Santos E.L. et al. FAS -670A/G single nucleotide polymorphism may be associated with human T lymphotropic virus-1 infection and clinical evolution to TSP/HAM. // Eur. J. Gynaecol. Oncol. 2009. Vol. 30, №2. P. 142-144. 44. Wang L.E. et al. Fas A670G polymorphism, apoptotic capacity in lymphocyte cultures, and risk of lung cancer. // Lung Cancer. 2003. Vol. 42. P. 1-8. 45. Yang M. et al. Functional variants in cell death pathway genes and risk of pancreatic cancer. // Clin. Cancer Res. 2008. Vol. 14. P. 3230-3236. 46. Zhang B., Sun T., Xue L. et al. Functional polymorphisms in FAS and FASL contribute to increased apoptosis of tumor infiltration lymphocytes and risk of breast cancer. // Carcinogenesis. 2007. Vol. 28, №5. P. 1067-1073. 47. Zhang H. et al. Importance of FAS-1377, FAS-670, and FASL-844 polymorphisms in tumor onset, progression, and pigment phenotypes of Swedish patients with melanoma: a case-control analysis. // Cancer J. 2007. Vol. 13. P. 233-237. 48. Zhang X., Miao X., Sun T. et al. Functional polymorphisms in cell death pathway genes FAS and FASL contribute to risk of lung cancer. // J. of Med. Genet. 2005. Vol. 42, №6. P. 479-484. 49. Zhang Z. et al. Polymorphisms of FAS and FAS ligand genes involved in the death pathway and risk and progression of squamous cell carcinoma of the head and neck. // Clin. Cancer Res. 2006. Vol. 12. P. 5596-5602. 50. Zhang Z., Xue H., Gong W. et al. FAS promoter polymorphisms and cancer risk: a meta-analysis based on 34 case-control studies.// Carcin. 2009. Vol. 30, №3. Р.487-493. 51. Zhou R.M., Wang N., Chen Z.F. et al. Polymorphisms in promoter region of FAS and FASL gene and risk of cardia gastric adenocarcinoma. // J. Gastroenterol. Hepatol. 2010. Vol. 25, №3. P. 555-561. 52. Zhu Q., Wang T., Ren J. et al. FAS-670A/G polymorphism: A biomarker for the metastasis of nasopharyngeal carcinoma in a Chinese population. Clin. Chim. Acta. 2010. Vol. 411, №3, 4. P.179-183. 53. Zoodsma M. et al. Interleukin-10 and Fas polymorphisms and susceptibility for (pre)neoplastic cervical disease. // Int. J. Gynecol. Cancer 2005. Vol. 15. P. 282-290. 54. Zucchi F., da Silva I.D., Ribalta J.C. et al. Fas/CD95 promoter polymorphism gene and its relationship with cervical carcinoma. // Immunol. Invest. 2010. Vol. 39, №1. P. 27-38.
МИНИСТЕРСТВО ОБРАЗОВАНИЯ И НАУКИ РФ Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Нижегородский государственный университет им. Н. И. Лобачевского»
БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ
Кафедра молекулярной биологии и иммунологии
Работа выполнена на базе лаборатории молекулярной биологии и генной инженерии НИИ молекулярной биологии и региональной экологии ННГУ им. Н.И. Лобачевского Полиморфизмы промоторной области гена Fas
Дипломная работа Допущен к защите студента 5 курса д/о зав. кафедрой_____________ гр.0153-5Шарова М.А. Научный руководитель: м.н.с. Сахарнов Н.А. Научный консультант: доц.,к.б.н. Казацкая Ж.А. Рецензент: руководитель отделения лабораторной диагностики ФГБУ «ННИИТО»к.м.н. Лебедев М.Ю.
Нижний Новгород Оглавление Введение 4 1. Обзор литературы 6 1.1 Общая характеристика однонуклеотидных полиморфизмов 6 1.2 Строение, функции, значение Fas-антигена 8 1.3 Однонуклеотидные полиморфизмы гена Fas 10 2. Материалы и методы исследований 15 2.1 Ферменты и биопрепараты 15 2.2 Выделение тотальной РНК 15 2.4 Полимеразная цепная реакция 16 2.5 Визуализация результатов ПЦР методом электрофореза нуклеиновых кислот в 1,5% агарозном геле 19 3. Результаты и их обсуждение 20 Выводы 30 Цитированная литература 31 ATL – Т-клеточная лейкемия CD – кластер дифференциации DD – домен смерти FasL – лиганд Fas GCA – аденокарцинома кардиального отдела желудка HAM – HTLV-1 связанная миелопатия HBV – вирус гепатита B HCC – гепатоклеточная карцинома HTLV-1 – Т-лимфотропный вирус человека 1 типа NPC – рак носоглотки PCa – рак предстательной железы SLE (СКВ) – системная красная волчанка SNP (ОНП) – однонуклеотидные полиморфизмы SP-1 – специфический белок - 1 SSc – диффузный и кожный системный склероз STAT1 – фактор сигнального преобразования и активации транскрипции - 1 TNF, NGF – факторы некроза опухолей TSP– тропический спастический парапарез Введение Полиморфными принято называть гены, которые представлены в популяции несколькими разновидностями - аллелями, что обусловливает разнообразие признаков внутри вида. Различия между аллелями одного и того же гена, как правило, заключаются в незначительных вариациях его "генетического" кода. Большинство известных полиморфизмов выражаются либо в заменах одного нуклеотида, либо в изменении числа повторяющихся фрагментов ДНК. Полиморфизмы нуклеотидных последовательностей обнаружены во всех структурных элементах генома. Вариации, затрагивающие кодирующие фрагменты генов и отражающиеся на аминокислотной последовательности их продуктов, встречаются относительно редко и не имеют отношения к анализируемой конкретной проблеме (Льюин, 1987). Одной из актуальных проблем биологии и медицины является проблема исследования первичной структуры генов и их функциональных элементов, поскольку изменение экспрессии жизненно важных генов приводит к различным заболеваниям. В последнее время широко распространены исследования, направленные на выявление полиморфизмов, связанных с индивидуальной предрасположенностью к заболеваниям и устойчивостью организма к воздействию окружающей среды. Частота встречаемости однонуклеотидных полиморфизмов (ОНП) может служить генетическими маркерами предрасположенности к различным заболеваниям. В популяционных исследованиях и картировании генов широкое применение нашли ОНП, расположенные в некодирующих регионах и не меняющие структуру и функцию белков (Cavalli – Sforza, 1998; Wang et al., 1998). ОНП используются как молекулярные маркеры в генетических и фармакогеномных исследованиях при многих заболеваниях (Brooks, 1999;Sobin, Ashish, 2007). При этом выявляется связь между генетической структурой индивидуумов (генотипом) и ее ответом на лечение препаратами (фармакогеномика); собирается информация относительно генетической предрасположенности индивидуума к его состоянию здоровья или подтверждается диагноз генетической болезни (генетическое тестирование); определяются функциональные ОНП, которые изменяют структуру и функцию белков (функциональная протеомика) (Kaleigh Smith, 2002). Целью данной работы является анализ частоты генотипов промоторной области гена Fas (CD95) (однонуклеотидные полиморфизмы Fas-670A/G и Fas-1377A/G) при раке толстого кишечника и герпесвирусной инфекции. Для достижения данной цели были поставленыследующие задачи: - Выявить генотипы промоторной области гена Fas в клетках периферической крови больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией - Исследовать частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов Fas-670A/G и Fas-1377A/G промоторной области гена Fas больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией - Определить частоты генотипов однонуклеотидных полиморфизмов Fas-670A/G и Fas-1377A/G промоторной области гена Fas у мужчин и женщин, больных раком толстого кишечника и герпесвирусной инфекцией
Обзор литературы
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Последнее изменение этой страницы: 2017-01-26; просмотров: 168; Нарушение авторского права страницы; Мы поможем в написании вашей работы! infopedia.su Все материалы представленные на сайте исключительно с целью ознакомления читателями и не преследуют коммерческих целей или нарушение авторских прав. Обратная связь - 3.144.92.120 (0.15 с.) |